La protección de los humedales se basa en disponer más vigilancia, que incluye un monitoreo de visitantes y controles temporales por parte de las autoridades; un mantenimiento de los cuerpos de agua en el que se extraerá maleza acuática, recolección de basuras, escombros y cuidado de los árboles y plantas.
La administración distrital hará capacitaciones en las comunidades que habitan en zonas aledañas a estos humedales, para que aprendan a convivir cerca a estos corredores ecológicos.
Así mismo, la Policía hará periódicamente un monitoreo para el conteo de aves y faunas.
La empresa de Acueducto trabajará de la mano con la Fundación Alma, la Junta de Acción Comunal del barrio Alhambra a la altura de la 116 con Autopista Norte y la Fundación Humedal La Conejera. Esta iniciativa pretende crear un área natural protegida.