La decisión del Tribunal Administrativo de Cundinamarca, de suspender los efectos del fallo de la Procuraduría que destituyó e inhabilitó al alcalde Gustavo Petro, abrió una posibilidad: que la rama judicial termine decidiendo si al alcalde y al electorado bogotano se le violaron sus derechos políticos con la decisión del Ministerio Público. En caso de que los jueces de la república decidan que así fue, muchas sanciones disciplinarias proferidas por Ordóñez quedarían en entredicho. Estos son algunos de los casos.
Todos los reflectores apuntaron al procurador Alejandro Ordóñez cuando, en septiembre de 2010, destituyó e inhabilitó por 18 años a la entonces senadora Piedad Córdoba, por supuestos nexos con la guerrilla de las Farc. El procurador sustentó su decisión a partir de los presuntos datos que fueron encontrados en los computadores de Raúl Reyes, uno de los jefes de las Farc abatido en marzo de 2008.
Córdoba fue absuelta en la Corte Suprema pues el alto tribunal consideró que las pruebas recolectadas en el campamento del jefe subversivo no tuvieron la debida cadena de custodia por parte de las autoridades. En ese sentido, no se podía juzgar a una persona con pruebas que carecían de legitimidad. Pese a ello, la Procuraduría ratificó su decisión de quitarle la curul a Córdoba.
La exsenadora demandó el fallo ante la Corte Constitucional. La Sentencia del alto tribunal, aunque no fue firmada por todos los magistrados, recoge la jurisprudencia de la Corte sobre la facultad del procurador para investigar y sancionar a funcionarios públicos. Como lo contó este diario, el magistrado ponente, Jorge Iván Palacio, señaló en su providencia que «la Constitución sí otorgó al procurador competencia para ejercer la vigilancia superior de (…) servidores públicos (…) incluso los de elección popular (…) El artículo 277-6 de la Constitución no exige de una ley orgánica para fijar las competencias disciplinarias del Ministerio Público». Por su parte, Córdoba consideró que con la decisión de Ordóñez se habrían vulnerado sus derechos fundamentales a elegir y ser elegida, al trabajo y al acceso y desempeño de funciones públicas y al debido proceso.
El 20 de enero del 2012 el procurador le impuso la sanción más alta al entonces senador Iván Moreno: 20 años de inhabilidad para ejercer cargos públicos. El fallo se produjo por su responsabilidad en el carrusel de la contratación en Bogotá. Moreno también entuteló al procurador. En mayo de 2011 el Consejo Seccional de la Judicatura de Bogotá le negó la tutela a Moreno. El abogado de Moreno, Jaime Araújo Rentería, pretendía que la investigación retornara a su fase preliminar, abierta el 6 de abril de 2010. De acuerdo con Araújo, la Procuraduría no había permitido una defensa técnica en el caso. Hoy, Moreno le apunta a la revisión de la Corte Constitucional para frenar el fallo de la Procuraduría.
En octubre de 2010, el procurador destituyó e inhabilitó a Maria del Pilar Hurtado (ex directora del DAS) y a Bernardo Moreno, ex secretario general de Álvaro Uribe, por el escándalo de las ‘chuzadas” del DAS. El ex director del DAS; Jorge Noguera, también fue inhabilitado por 20 años. En el caso de Moreno, su caso pasó a la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia. Moreno fue acusado por la Fiscalía por los delitos de abuso en función pública, concierto para delinquir y violación ilícita de comunicaciones.
En mayo de 2011 el procurador sancionó por primera vez aun alcalde de Bogotá. Samuel Moreno rindió cuentas ante la Procuraduría por irregularidades en la ejecución de las obras de la fase III de Transmilenio. Ordóñez lo inhabilitó y suspendió por 12 meses, porque Moreno, según él, no tenía una responsabilidad directa en lo que se conoció como «el carrusel de la contratación». Samuel Moreno acudió a la tutela para revertir el fallo de la Procuraduría, alegando que dentro de sus funciones no estaba la revisión y ejecución de obras públicas. Su defensa jurídica no prosperó.
Otro caso que generó diferentes polémicas fue la sanción que profirió el procurador en contra del alcalde de Medellín, Alonso Salazar, en febrero de 2012. Dos meses después de que Salazar terminara su periodo, el procurador lo destituyó e inhabilitó por 12 años. Según el Ministerio Público, Salazar participó en política cuando denunció la infiltración de grupos paramilitares durante las elecciones para la alcaldía de Medellín. Salazar solicitó la nulidad del fallo pero la justicia no estuvo a su favor.
Una de las últimas sanciones del procurador fue la destitución del concejal Hipólito Moreno, por haber participado en el carrusel de la contratación a través de contratos que pasaron por la Secretaría de Salud (como el de ambulancias, por $67 mil millones). El exconcejal se declaró culpable ante la Fiscalía por los delitos de interés indebido en celebración de contratos y cohecho. La decisión de la Procuraduría quedó en firme.