Uno de los grandes líos que ha generado la entrada en funcionamiento de la Jurisdicción Especial de Paz han sido las solicitudes de ingreso y excarcelación. Las libertades a guerrilleros benficiados con la ley de amnistía y a militares van a paso lento. Además, las peticiones para acogerse al sistema transicional por parte de alfiles del uribismo han generado polémica.