El anuncio se produjo días después que el gobierno alemán aprobó un paquete de 50.000 millones de euros (69.000 millones de dólares) para rescatar a la prestamista.
Funke fue criticado por no revelar la magnitud de los problemas que obligaron al gobierno a rescatarla.
Hypo dijo en un comunicado que el directorio se hará cargo de las responsabilidades de Funke hasta designar a un sucesor en las próximas horas.