Según las autoridades españolas, dos sujetos armados ingresaron a la habitación 537 del centro hospitalario donde Vargas Vargas se encontraba recluido desde el pasado 2 de enero por un afección pulmonar y le dispararon en repetidas ocasiones con una pistola con silenciador. La muerte su produjo hacia las 7:50 de la noche hora española y no se descarta que se trate de un ajuste de cuentas.
Leonidas Vargas Vargas, quien el 11 de septiembre de 1995 había sido condenado por un juez regional de Medellín a 19 años de prisión y una multa cercana a los cuatro mil millones de pesos, también fue acusado de intentar asesinar al hoy gobernador de Santander, Horacio Serpa, cuando era el ministro del Interior y de Justicia del gobierno de Ernesto Samper Pizano. El 27 de julio de 2001 Un fiscal de la Unidad Nacional para la Extinción del Derecho de Dominio y Contra el Lavado de Activos decretó la extinción de dominio sobre 135 inmuebles, tres remanentes sobre inmuebles, cuatro vehículos, dos cuentas corrientes y tres sociedades de propiedad del narcotraficante.
Vargas Vargas, quien fue considerado como el rey de la coca en el sur de Colombia, en el momento de su muerte se encontraba sin custodia policial y a la espera de un juicio que resolviera su situación jurídica. La libertad la había recobrado por la hipertensión pulmonar que presentaba y el tratamiento médico que recibía de los galenos. Por orden del juez de Instrucción Fernando Andreu se encontraba detenido desde el 8 de julio de 2006. Su captura se produjo en la puerta de un hotel en Madrid al encontrársele en su posesión un pasaporte venezolano falso. Era requerido por los delitos de narcotráfico en Estados Unidos y Colombia, donde se ofrecía una suma de cinco millones de dólares por él.
Leonidas Vargas, de 59 años de edad, había pasado de ser un humilde expendedor de carnes a un peligroso capo de las drogas. Proveniente de una humilde familia de campesinos caqueteños pasó a ser un temido capo de las drogas, socio del también extinto narcotraficante Gonzalo Rodríguez Gacha, conocido con el alias de El Mejicano. Fue así como obtuvo lujosas propiedades en distintos países, varias de ellas en Chile, donde fueron detenidos una cuñada y su esposo. En marzo de 1997 las autoridades develaron un plan con el que intentaban asesinarlo en la cárcel La Picota, donde se encontraba recluido.