Por considerar que su desmovilización como comandante del bloque Cacique Pipintá fue “sólo en apariencia” y que interfirió en la campaña electoral de 2006 en el departamento de Caldas, el Tribunal Superior de Bogotá excluyó al ex comandante de las Auc Iván Roberto Duque (alias Ernesto Báez) de los beneficios contemplados en la Ley de Justicia y Paz. En otras palabras, de ratificar la Corte Suprema esta determinación, Báez tendrá que enfrentar sus procesos ante la justicia ordinaria, lo que podría significarle penas de 40 años de prisión y no de máximo 8 años, como se contempla en Justicia y Paz. Báez está siendo investigado, entre otros crímenes, por el asesinato de 12 funcionarios judiciales (jueces e investigadores) en un punto conocido como La Rochela (Santander), en 1989.
En sus propias sentencias la Corte Suprema ha determinado que el ex líder paramilitar seguía involucrado en actividades proselitistas, pues en condenas como la que emitió hace cuatro meses contra el ex representante por Caldas Dixon Ferney Tapasco, el alto tribunal encontró que Báez, “amparado en el salvoconducto que le había entregado el Gobierno (…) impuso la disciplina a que invitaba la estrategia de sectorización electoral”. En nombre de Báez, otros ex parlamentarios también han resultado implicados en el escándalo de la parapolítica, como los santandereanos Luis Alberto Gil, Óscar Josué Reyes y Alfonso Riaño o los caldenses Jairo Alberto Llano y Juan Pablo Sánchez. El defensor de Iván Roberto Duque expresó que apelará la decisión. La Corte Suprema tendrá la última palabra.