La Sala Penal quedará entonces dividida en tres "Salas Instructoras", cada una de ellas compuesta por tres magistrados. Una de ellas, por sorteo, tomará el caso de un congresista que llegue a la Corte, para encargarse de investigarlo; mientras tanto, las otras dos salas se encargaran de su juzgamiento.
El reordenamiento de la Sala obedece a una sentencia de la Corte Constitucional (C-545 de mayo 28 de 2008). Esa sentencia ordenaba que el Congreso deberá expedir una ley para juzgar a los parlamentarios que se involucraran en actividades ilícitas, pero que hasta no expedida la ley, la Sala Penal podía tomar iniciativa y hacer un cambio interno a la manera como investiga a los congresistas.
La nueva forma de investigar y juzgar a los parlamentarios sólo aplicará para los que hayan cometido delitos a partir del 29 de mayo de 2008.
La Corte Constitucional había ordenado en la sentencia que la ley que sea expedida por el Congreso sólo aplique para los delitos cometidos después de esa fecha.