El desmovilizado jefe de las Autodefensas aceptó únicamente el delito de concierto para delinquir agravado, debido a su vinculación directa con las autodefensas del Nordeste Antioqueño, Bajo Cauca y Magdalena Medio, pero volvió a negar su participación en cualquier otro hecho delictivo.
Los hecho por los cuales se le imputaron 11 cargos de homicidio en persona protegida y dos cargos por tentativa de homicidio tienen relación con asesinatos ocurridos en los departamentos de Antioquia y Caldas.
Entre las personas asesinadas desde 2001 y hasta 2004 en dichos departamentos, figuran: Gabriel Ospina Gutiérrez, ex tesorero del municipio de Aguadas (Caldas); María Fabiola Largo, líder indígena de Riosucio (Caldas); Augusto Soto Restrepo, funcionario de la Fiscalía en Aguadas; Juan Carlos Tabares Cardona, detective del DAS; Fernando López Ramírez, ex concejal de Aguadas. Entre las víctimas también se encuentran un agricultor y un comerciante.
Al final de la diligencia judicial, y por solicitud del fiscal del caso, el magistrado de Control de Garantías, impuso medida de aseguramiento contra Duque Gaviria por todos y cada uno de los hechos imputados.