El Consejo de Estado abría suspendido un convenio administrativo entre el Ministerio de Defensa y la Fiscalía que permitía que las investigaciones contra los militares activos fueran adelantadas inicialmente por la Fiscalía, según declaraciones de militares retirados.
Tras una demanda interpuesta por el cuerpo de Generales ante el Alto Tribunal, las investigaciones de los militares activos primero las tendrá que conocer la Justicia Penal Militar, poniendo fin al acuerdo que definía que la Fiscalía iniciaba las indagaciones para que luego se definiera la competencia sobre esos casos.
El acuerdo fue suscrito el 14 de junio de 2006 y según fuentes castrenses afectaba a las tropas pues desconocía sus derechos a una defensa y un juicio adecuado.