El caso se relaciona con los supuestos desacatos a fallos de tutela en los que habrían incurrido los funcionarios en relación con el no pago de las mesadas pensionales de la Fundación San Juan de Dios a varios ex trabajadores de la entidad. De acuerdo con los demandantes, la negligencia de Carrasquilla Barrera y Zuluaga Escobar les ha causado perjuicios económicos y, en consecuencia, el Tribunal Administrativo de Cundinamarca ordenó que fueran investigados.
Sin embargo, el fiscal Mario Iguarán, en una providencia de 28 páginas conocida por El Espectador, resolvió inhibirse de procesar al ex ministro Carrasquilla y al ministro Zuluaga al considerar que está demostrado que el Ministerio de Hacienda ha hecho suficientes esfuerzos por paliar la deuda pública del San Juan de Dios.
De hecho, 4.200 pensionados y 1.600 empleados de la Fundación San Juan de Dios quedaron a la deriva luego de que en septiembre de 2001 el Gobierno decidiera intervenir dicho centro médico argumentando la carencia de recursos para seguir soportando su funcionamiento. Desde su cierre, los ex trabajadores del San Juan han interpuesto toda clase de acciones judiciales para que el Estado les garantice el pago de sus derechos adquiridos.
En mayo de este año, un histórico fallo de la Corte Constitucional que podría significarle a la Nación el pago de cerca de $1,2 billones, amparó los derechos fundamentales al trabajo y al mínimo vital de los ex trabajadores del San Juan de Dios por concepto de acreencias de salarios, prestaciones, seguridad social de los empleados en los últimos años y el pasivo pensional de la entidad.
En criterio del Fiscal, tanto Carrasquilla como Zuluaga han girado millonarios recursos estatales que redundan en un efectivo cumplimiento por parte del Gobierno de sus compromisos presupuestales con el San Juan de Dios. Tan sólo en 2006, el Ministerio de Hacienda destinó $60 mil millones para la Fundación. Según Iguarán, un informe de la Contraloría encontró una indebida destinación de recursos girados por el San Juan por más de $1.800 millones. Por esta razón exoneró de responsabilidad al ex ministro Carrasquilla y al actual titular Óscar Iván Zuluaga.