Por haber avalado la decisión que suspendió el convenio que le daba la potestad a la Fiscalía para apoyar todas las investigaciones de crímenes cometidos por militares, un grupo de abogados denunció públicamente la imparcialidad con la que habría actuado el candidato a Fiscal, Marco Antonio Velilla, de cara a las ejecuciones extrajudiciales denominadas en Colombia como "falsos positivos".
Pese a que el convenio no afectaba las competencias de la Jurisdicción Ordinaria frente a delitos que se encuentran fuera de la órbita de las funciones inherentes al servicio militar, que según jurisprudencias de la Corte Suprema y Corte Constitucional no cobijan asesinatos en persona protegida, su derogación sí limita el papel de la Fiscalía General de la Nación, que no podría conocer, de antemano, elementos de material probatorio y evidencia física recaudadas por la Justicia Militar en cada caso.
De ahí la preocupación de muchos sectores, que consideran que la acción a posteriori de la Fiscalía puede estar mediada previamente por actuaciones irregulares de parte de uniformados para encubrir a sus compañeros y hacer ver como delitos del servicio acciones que en realidad no lo son, acentuando así la impunidad que, en numerosos casos ha rodeado ese tipo de crímenes.
En torno a la decisión tomada por la Sección Primera del Consejo de Estado el 14 de diciembre de 2009, con ponencia de la magistrada María Claudia Rojas Lazo, el miedo radica en que fue aprobada y firmada por otros dos colegiados, entre quienes se cuenta al actual candidato a Fiscal General de la Nación, Marco Antonio Velilla.
Para el abogado Jorge Molano, resulta inaudito que un funcionario que, de ser elegido jefe del ente acusador se convertiría en ficha clave de tales investigaciones, apoye decisiones que, a todas luces, promueven el silencio frente a las conductas dolosas de oficiales y soldados incriminados en los "falsos positivos".
Según el jurista, es evidente que la posición adoptada por la colegiatura, en este sentido, va encaminada a promover la impunidad en las violaciones a derechos humanos y al derecho internacional humanitario que, frecuentemente, se cuecen al interior de las Fuerzas Militares.